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根据基金会中心网的数据，截至2011年，企业及企业家发起的非公募基金会已有285家，占非公募基金会总量的22.3%。这些已有的企业基金会在发展的过程中已经出现了一些问题，主要是因为其资金来源于支持其设立和发展的企业，所以其日常运作绝大多数时候都要唯企业马首是瞻。
如何能充分利用企业基金会的资源优势，使之成为公益慈善领域一支不可忽视的力量？
第一，企业要明确自己的责任，明明白白将企业和基金会各自的责任义务弄清楚，不要含糊其辞。首先，在发起设立基金会时，企业应确定好基金会的宗旨，需多费一些心思和时间想明白基金会成立以后要做什么，集中关注哪些个领域；其次，在基金会成立初期或发展过程中，企业应出资支持日常运作及在宗旨范围内开展项目所需要的资金；再者，企业需帮助基金会实现“独立”：如果企业希望基金会在成立之后，能够实现资金从企业“断奶”，就需要企业（家）帮助基金会逐步实现这个目标——在最初的一段时间里，帮助基金会培养专业、独立的资金运作团队，逐步实现资金的投资增值。
第二，厘清与政府的关系。一方面，企业基金会要充分尊重国家的法律法规，在合理合法的范围之内，尽自己最大的能力，做好自己分内的工作；另一方面，企业基金会的资产不应该被政府用作其社会福利和公共服务的补贴，尤其是他们不能是捐款的直接受益人。如果企业基金会做不到这两个方面，总是跟政府保持着很暧昧的关系，甚至有很多利益瓜葛和牵扯，那么就很难独立、健康发展，更别奢望成为卓越、优秀甚至是伟大的基金会。
第三，建立独立、务实的理事会。现在有一些企业基金会的理事会成员，多由企业内部的管理层或来自某些与企业有利益关系的单位的人员担任。这样的理事会成员组成至少可能带来两个不好的结果：一是非常强势固执，完全用管理企业的那一套思想来决策，使得执行团队缺乏应有的灵活性和自主性。另外一个结果则完全相反，理事会形同虚设，完全听命于企业大老板，没有独立的思考和意见。
因此，企业基金会要独立运作，就必须建立真正独立专业的理事会，尽量避免将企业发展过程中的各种利益关系带到这中间来。理事会成员的构成应该多元化，但有公益慈善背景的成员在数量上必须具有优势。
第四，尊重专业。基金会的运作其实是一项专业性非常强的工作，要保持企业基金会的独立性，就必须相信并坚持其管理和运作是一项专业性的工作。只有吸引更多、更好的专业人才来参与设计、参与运作，才能使企业基金会的发展具有基金会自身的特点，符合基金会独有的发展规律。
企业基金会的发起设立者首先必须意识到要使自己的基金会发展成一个优秀、伟大的基金会，就需要保持其独立性，而不是企业或企业家的附属品。（谭红波/文 泛海公益基金会项目高级经理）
